Il traite un à un les points de la négociation, c'est pour cela qu'il est difficile tant est différente chaque entreprise, de décrire ici un modèle type.
La rédaction du protocole requièrt l'assistance d'un professionnel (avocat, expert-comptable, notaire...).

Le protocole retrace les aspects fondamentaux des accords passés entre le repreneur et le cédant. Il  reprend donc les points suivants:

Désignation des parties

• Description de l'entreprise:
  1. Objet social, lieu(x) de l'activité, forme et durée du bail...
  2. Actifs.
  3. Nombre de titres concernés par la transaction et répartition du capital (si c'est une société).

• Contenu de l'accord:
  1. Échéance de la promesse de vente.
  2. Forme de cession envisagée.
  3. Prix de la cession et modalités de paiement.
  4. Transfert de propriété avec date de jouissance.
  5. Remboursement des comptes-courants d'associés.
  6. Conditions d'un contrat de travail pour l'associé dirigeant, si besoin.
  7. Gestion de la période intérimaire: conduite des affaires.
  8. Clause de non-concurrence.
  9. Clause pénale.
  10. Clause attributive de juridiction.

• Annexes:
  1. Bilans, compte de résultats.
  2. État des hypothèques et nantissements.
  3. Liste des engagements ou conventions particulières.
  4. Liste du personnel de l'entreprise.

Bien que la signature du protocole désigne l'accord entre les parties, il est conseillé de traiter la vente définitive une fois un audit d'acquisition réalisé.
L'audit d'acquisition est réalisé par un commissaire aux comptes. Cet audit compense l'audit social et juridique ainsi que l'audit comptable et financier. Il donne une assurance complémentaire pour  l'acquéreur en ce qui concerne l'état de l'entreprise.